变电站电磁干扰主要分外部干扰和内部干扰，外部干扰主要来自高低压回路设备的操作、静电场、雷电浪涌、输电线路及电磁波辐射所引起的暂态过程等，而系统元件和相关结构等因素则容易引起内部干扰。
电磁干扰的形式
电磁干扰信号按其形式，可分为共模和差模干扰。共模干扰是由网络对地电位发生变化引起的，而差模干扰往往是以串联的形式出现在信号源回路中的。
变电站电磁干扰的传输
根据传输方式可分为分为辐射（Radiated）干扰、传导（Conducted）干扰和电磁感应耦合干扰。辐射干扰主要是电子设备产生的干扰信号通过空间耦合传给另一个网络或电子设备。传导干扰主要是指电子设备产生的干扰信号通过导电介质或公共电源线相互干扰。感应耦合干扰主要是为电磁干扰能量利用电磁波完成传播。其中感应耦合干扰主要是由于内部或外部空间电磁场感应引起的一种现象，同时在周围导体内感应产生电压、电流。
变电站电磁干扰对设备造成的影响
一次设备操作干扰
一次设备在操作过程中伴随有宽频的干扰波，且操作过程容易引起大电流、控母电压波动等。一些抗浪涌能力弱的电源设备，也容易引起其内部逻辑混乱甚至烧坏，最终造成保护的误动。
二次回路布线不合理
如果强、弱电信号共用一根电缆，强电信号容易通过交变感应到弱电缆芯内部，从而使综合自动化自系统产生过高误码率。如果布线不合理，分布电容不均匀，共模干扰信号容易进入弱电系统，即使是微弱的耦合信号干扰也可能导致系统出错。除此之外线路（交流、直流）如果没有采取可靠的抗干扰措施，也会出现莫名奇妙的异常现象。
雷电过电压干扰
变电站建筑物地面被雷电直击或者感应时，极强的电磁脉冲会因瞬间强大的电压而产生，且会通过一次设备、接地网等的二次回路串入信号回路和通讯回路，导致微机保护设备直接烧毁。